Das Freilandlabor Fließgewässer befindet sich auf der nördlichen Seite der Forschungsanlage. Seit der naturnahen Umgestaltung des Sulzbaches 2014, steht der Wissenschaft das gesamte Fließgewässer sowie das angrenzende Gelände als Forschungsstandort zur Verfügung. Als Dauermonitoring werden verschiedene abiotische Daten wie Wassertemperatur, Leitfähigkeit, Pegelstand aufgenommen. Das Monitoring soll langfristige Erkenntnisse zu potentiellen Veränderungen des Gewässersystems liefern.

Zum Freilandlabor Stillgewässer gehören drei Fisch-Forscherbecken, in denen Experimente mit unterschiedlichen abiotischen Parametern unter gleichen hydrologischen Bedingungen durchgeführt werden können. Ferner bieten 12 gleichgestaltete Auen-Becken die Möglichkeit Wasser-Land-Interaktionen zu untersuchen. Jedes einzelne Becken ist in seiner Wasserdynamik einzeln steuerbar. Ebenso wie bei dem Freilandlabor Fließgewässer stehen hier verschiedene Parameter als Dauermessreihe zur Verfügung. 

EERES unterhält in einem Gebäude der ehemaligen Fischzuchtanlage des Landesfischereiverbandes Pfalz e.V., dem sogenannten „Alten Bruthaus“, eine moderne Fließgerinnenanlage bestehend aus 16 Edelstahlrinnen. In dieser Modell-Ökosystemanlage (Mesokosmenanlage) lassen sich unter kontrollierten Bedingungen Fließgewässer mit den darin befindlichen aquatischen Lebensgemeinschaften nachbilden und unter realitätsnahen, aber kontrollierten und reproduzierten, Bedingungen untersuchen.